Úvod Magazín MLPA kity: novinky na trhu SALSA MLPA kity: Nové a vylepšené verze

SALSA MLPA kity: Nové a vylepšené verze

Vyberte si a přečtěte si o vylepšených SALSA MLPA kitech:

SALSA MLPA P054 FOXL2-TWIST1

  • aplikace: Oftalmogenetické anomálie

  • oblasti: FOXL2 , TWIST1, FOXC1, FOXC2, ATR, PITX2, GPR143 

  • verze: C1

Kit je určen pro detekci delecí / duplikací jedné nebo více sekvencí ve výše uvedeném genu(ů) ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozomu (GPR143) povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Výsledky potvrďte jinými metodami

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Tento kit zahrnuje sondy pro geny TWIST1, FOXL2, FOXC1, FOXC2, ATR, PITX2, PISRT1 a GPR143 (bývalý OA1). Mutace v těchto genech mají za následek především oftalmogenetické anomálie. Vezměte prosím na vědomí, že GPR143 gen se nachází na X chromozomu.

TWIST1

Protein kódovaný genem TWIST1 může mít vliv na transkripci receptorů růstového faktoru fibroblastů (FGFR), genové rodiny zapojené do kraniosynostózy. Předpokládá se, že TWIST1 proteiny také regulují cytokinovou signalizaci. TWIST1 gen je umístěn na 7p21.1, obsahuje dva exony a pokrývá jen ~ 2,2kb. Mutace v genu TWIST1 jsou hlavní příčinou Saethre-Chotzen syndromu (SCS; MIM 101400). Odhaduje se, že 11 % pacientů s SCS má deleci jedné kopie genu TWIST1. Většina pacientů s delecí TWIST1 jsou vývojově opoždění, pravděpodobně v důsledku haploinsuficience blízkých genů. V kitu jsou zahrnuty dvě sondy pro gen TWISTNB, který se nachází ve vzdálenosti 590 kb od TWIST1 v této oblasti chudé na geny. Neexistuje zatím žádný jasný důkaz, že delece TWISTNB je příčinou vývojového opoždění.

FOXL2

Genový produkt FOXL2 je „forkhead“ transkripční faktor. Mutace v FOXL2 mohou způsobit Blefarofimózní syndrom (BPES; MIM 110100), což je autozomálně dominantní syndrom charakterizovaný malformací očních víček, někdy je spojený s předčasným selháním vaječníků (POF typu I) a někdy ne (POF typu II). FOXL2 gen je lokalizován na chromozomu 3q22.3 a skládá se z jediného 2,9kb exonu. Několik FOXL2 delecí bylo identifikováno. Alespoň jedna z těchto delecí překrývá několik Mb chromozomální DNA a může být rozšířena na gen ATR, který se nachází 3,6 Mb telomericky od FOXL2. Tři sondy pro ATR jsou zahrnuty v tomto kitu. Protein-nekódující gen PISRT1 je umístěn na 3q23 a sestává se z jediného 0,5kb exonu. PISRT1 se nachází 0,3 Mb telomericky od FOXL2 a sdílí společnou transkripční regulační oblast FOXL2.

Další geny v tomto kitu 

PITX2 (4q25, Riegerův syndrom, MIM 180500), GPR143 (bývalý OA1; Xp22.2; oční albinismus typ I) a „forkhead“ transkripční faktory FOXC1 (6p25.3) a FOXC2 (16q24.1). Kromě toho, v kitu je zahrnuto osm referenčních sond pro detekci několika různých míst na autozomálních chromozomech.


SALSA MLPA P070 Subtelomeres Mix 2B

  • aplikace: Testování subtelomer

  • oblast: Všechny subtelomery

  • verze: B3

EU (kandidátní) členské státy a členové EFTA: CE označení pro diagnostiku in vitro (IVD).
Všechny ostatní země: pouze pro výzkumné účely (RUO).

Tento výrobek je určen k detekci delece (í) a / nebo duplikace (í) v subtelomerických regionech, které jsou potenciální příčinou vývojového opoždění, dysmorfických rysů, ostatních vrozených vad a / nebo ztráty těhotenství. Kit může být použit na lidskou DNA odvozenou z periferní krve, bukálních stěrů a z nekultivovaných amniocytů nebo choriových klků. Zjištěné abnormality by měly být vždy potvrzeny uvedeným MLPA navazujícím kitem nebo jinou metodou.

Klinické pozadí

Aberantní počet kopií subtelomerických regionů, např. v důsledku nebalancované translokace, je častou příčinou opožděného vývoje a vrozených vad. MLPA kit P070-B3 Subtelomeres Mix 2B je určen k identifikaci jedinců se změnou v počtu kopií jedné nebo více subtelomerických oblastí. Míra detekce silně závisí na souboru testovaných pacientů: Ahn et al. (2007) zjistili míru detekce 5,9 % při testování 455 pacientů; Stegmann a kol. (2008) získali míru detekce 3,9 % při testování souboru pacientů, ve kterém normální G-pruhování nezjistilo žádné abnormality. Všimněte si, že MLPA nemůže identifikovat balancované translokace a má nižší míru detekce než microarray analýza.

Obsah kitu

P070-B3 Subtelomeres Mix 2B obsahuje 47 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 121 a 490 nt: 2 sondy pro každý chromozom a 1 sondu pro jedinečnou oblast chromozomu Y. 41 sond je umístěno v subtelomerických regionech. Žádné sondy nejsou přítomny pro subtelomerické oblasti 5 akrocentrických chromozomů (13, 14, 15, 21, 22). Pro tyto chromozomy je zahrnuta zvláštní sonda pro detekci q raménka (např. "13p") v blízkosti centromery. Subtelomerické sondy pro chromozomy X a Y jsou stejné, neboť detekují sekvence v pseudoautozomálních oblastech (PAR1 a PAR2).

Syntetická DNA s duplikací pro tento kit

DNA vzorek SD025 se skládá ze směsi ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami, které jsou přítomny v P070-B3. Je-li P070-B3 použit na SD025, budou označené sondy vykazovat duplikaci. SD025 lze objednat i samostatně a je určena pouze pro výzkumné účely.

Soubory ke stažení, které by se vám mohly hodit


SALSA MLPA P041 ATM-1 P042 ATM-2

  • aplikace: Ataxie-teleangiektázie (A-T)

  • oblast: ATM 11q23

  • verze: B1

Tento kit je určen pro detekci delecí / duplikací jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Výsledky potvrďte jinými metodami

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Podrobnosti k Ataxie-teleangiektázii

Ataxie-teleangiektázie (A-T, také známá jako Louis-Bar syndrom) je autozomálně recesivní onemocnění postihující nervový systém, imunitní systém, a několik dalších orgánů. Je charakterizována progresivní cerebelární ataxií, teleangiektázií a predispozicí k malignitám. Pacienti s A-T mají často oslabený imunitní systém a často mají chronické infekce plic. Vyskytuje se u 140 000 až 100 000 lidí po celém světě.

Mutace v genu ATM způsobují A-T. Gen kóduje protein ATM, který je členem fosfatidylinositol-3 kinázové rodiny proteinů, které reagují na poškození DNA fosforylací klíčových substrátů zapojených do opravy DNA a / nebo kontroly buněčného cyklu.

Gen ATM (63 exonů) pokrývá ~ 146kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 11q22-23, asi 108 Mb od p-telomery. Každý P041-B1 a P042-B1 kit obsahuje 34 sond pro gen ATM a 11 referenčních sond pro detekci několika různých míst na autozomálních chromozomech. Pokud se kity použijí společně, sonda pro každý exon ATM je přítomna, včetně dvou sond pro exon 1 a 61, a tři sondy pro exon 62.

Další informace pro zajímavost


SALSA MLPA P047 RB1

  • aplikace: Retinoblastom (RB)

  • oblast: RB1 13q14

  • verze: D1

Tento P047-D1 RB1 kit je určen především pro analýzu nenádorové DNA. Nicméně nové referenční sondy detekují relativně stabilní chromozomální oblasti u většiny typů nádorů a umožňují tak analýzu i nádorové DNA.

Tento kit je také určen pro detekci delecí / duplikací jedné nebo více sekvencí ve výše uvedeném genu (ů) ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Výsledky potvrďte jinými metodami

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány. Tento kit může být použit k detekci stavu metylace promotorové impritingované oblasti RB1 genu. Úrovně metylace může být různá pro různé tkáně. Je-li to možné, použijte stejně ošetřené testované a referenční vzorky (stejný typ tkáně a metody extrakce).

Obsah kitu

Gen RB1 (27 exonů) pokrývá okolo 180 kb genomové DNA (Hong FD et al, 1989, Proc Nat Acad Sci 86:5502-6), a nachází se na 13q14.2. Tento P047-D1 RB1 kit obsahuje sondy pro 26 z 27 RB1 exonů. Žádná sonda není přítomna pro exon 15, který se nachází v těsné blízkosti sousedních exonů. Pět sond je přítomno pro exon 1, dvě pro exon 12 a dvě pro exon 27. Sondy pro exon 1 jsou umístěny na CpG106 a umožňují stanovení metylačního statusu v RB1 promotorové oblasti, která je nemetylovaná ve většině vzorků DNA získaných z krve.

Po HhaI štěpení bude vrchol signálu získaný v nemetylovaných vzorcích velmi nízký nebo bude zcela chybět pro těchto pět sond zahrnující exon 1. Naproti tomu, při testech na denaturované lidské DNA in vitro, tyto sondy generují signál. Máme k dispozici údaje ukazující, že metylace detekovaná určitou sondou přímo ovlivňuje hladinu odpovídající mRNA. Kromě toho, čtyři MS-MLPA sondy jsou přítomny pro imprintingovaný CpG ostrov CpG85 umístěný v intronu 2 a poskytují informace o stavu metylace této oblasti. Jak tyto čtyři sondy detekují cílovou imprintingovanou oblast, jedna alela je metylovaná, druhá je nemetylovaná u normálních kontrolních vzorků. Ve srovnání s referenčními sondami, které neobsahují HhaI místa, signál sondy MS-MLPA v imprintingované oblasti je snížen přibližně o 50 % po HhaI štěpení ve vzorcích DNA od normálních jedinců.

  • Tento kit obsahuje také doprovodné sondy v těsné blízkosti RB1 (48 kb před, 35 kb za), stejně jako sondu pro DLEU1 gen a dvě sondy pro PCDH8 gen 1,6 Mb a 4,5 Mb za genem RB1. Kromě toho, 13 referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu a detekují několik různých autozomálně chromozomálních míst, které jsou v lidských nádorech relativně stabilní a nejsou ovlivněny HhaI štěpením.

O Retinoblastomu

Retinoblastom (RB, MIM180200) je embryonální nádor sítnice. Téměř vždy se vyvíjí v raném dětství a je často oboustranný. Retinoblastom je spojen se ztrátou nebo inaktivací RB1 genu. RB1 gen je negativní regulátor buněčného cyklu a proliferace. V USA je frekvence RB přibližně 1: 23 000 živě narozených dětí (Macklin MT, 1960 Am J Hum Genet. 12: 1-43). Oboustranný i jednostranný dědičný RB představuje 25-30 % a 10-15 % všech případů RB. Žádný z nedědičných RB (což představuje 55-65 % všech případů RB) je oboustranný. Pacienti s bilaterálním RB mají také predispozici (230-500x zvýšené riziko) pro osteogenní sarkom.

Několik heterozygotních delecí v RB1 genu bylo charakterizováno v DNA krevního původu. U nádorů, homozygotní delece v RB1 lokusu byly nalezeny v ojedinělých případech leiomyosarkomu, maligního fibrózního histiocytomu a nediferencovaného sarkomu, v nepřítomnosti jakéhokoliv historie retinoblastomu. Ztráta heterozygozity na RB1 lokusu se často vyskytuje u astrocytomů vysokého stádia, ale málo u gliomů nízkého stádia.

Delece exonů 13-17 jsou často pozorovány u různých typů nádorů, včetně retinoblastomu, rakoviny prsu, osteosarkomu, a proto přítomnost potenciálního "hotspotu" (kritického místa) pro rekombinaci v této oblasti byla předpovězena. Delece RB1 genu zasahující do PCDH8 genu hrají důležitou roli v psychomotorickém opoždění u RB pacientů (Castera L et al, 2013 Eur J Hum Genet 21:460-4). V posledních letech byl prokázán alternativní mechanismus RB1 inaktivace pomocí metylace promotoru (CpG106) u některých druhů rakoviny (Simpson DJ et al, 2000, Cancer Res 60:1211-6; Sahi H a kol, 2014 APMIS . PMID: 24735260). Kromě toho, imprintingovaná oblast v intronu 2 RB1 genu (CpG85) byla identifikována (Kanber D et al, 2009 PLoS Genet 5 (12):E1000790), a v poslední době význam metylace tohoto regionu u hepatocelulárního karcinomu byl prokázán (Anwar SL et al, 2014 J Pathol 233:392-401).


SALSA MLPA P002 BRCA1

  • aplikace: Dědičný nádor prsu (BRCA1)

  • oblast: BRCA1 17q21.31

  • verze: D1

Tento kit je určen pouze pro výzkumné účely (RUO) pro detekci delecí nebo duplikací exonů v lidském genu BRCA1 a není určen pro použití jako samostatný test pro klinické rozhodování. Většina defektů v BRCA1 genu jsou bodové mutace, z nichž většina nebude detekována pomocí MLPA. Proto se doporučuje používat tento SALSA MLPA kit v kombinaci se sekvenční analýzou.

SD024 syntetická DNA s duplikací

MRC-Holland připravila směs ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami ve vybraných MLPA kitech. SD024 v MLPA reakcí prováděných s vybranými MLPA kity bude tedy vykazovat duplikaci několika sekvencí. SD024 lze objednat samostatně.

Klinické pozadí

Zárodečné defekty v genu BRCA1 jsou nejčastější příčinou dědičné predispozice k rakovině prsu. Charakteristika dědičného, proti sporadickému, nádoru prsu jsou: mladší věk v době stanovení diagnózy, časté bilaterální onemocnění a častější výskyt nádoru mezi příbuznými muži.

Mezi různé defekty v genu BRCA1, které byly nalezeny u pacientů, patří delece a duplikace celých exonů, které jsou obvykle nezachyceny standardní analýzou. MLPA technika může detekovat většinu z těchto delecí a duplikací, a proto doplňuje sekvenční analýzu BRCA1 genu. Očekávaný počet BRCA1 chromozomálních přestaveb, které mohou být detekovány tímto MLPA kitem, je mezi 3 a 19 % všech mutací BRCA1 ve většině populací (Smith LD et al 2011; Sluiter MD et al 2011).  Viz níže několik publikací o kitu P002 BRCA1.

Obsah P002-D1 kitu

Tento SALSA MLPA P002 BRCA1 kit obsahuje 48 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 130 a 469 nt: 38 sond pro oblast BRCA1 genu a 10 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast. Alespoň jedna MLPA sonda je k dispozici pro každý exon v hlavní BRCA1 transkripční variantě

  • 8 sond je přítomno pro exon 11, který je velmi dlouhý (3426 nt).
  • 3 sondy jsou přítomny pro exon 13, který je často deletovaný nebo duplikovaný.
  • 3 sondy jsou přítomny pro exon 24 a dva pro exon 16.
  • 1 sonda je zahrnuta pro exon 1b, což je první exon v transkripční variantě 3 a 5.
  • 2 sondy detekují sekvence nacházející se 4,6 kb a 0,7kb před BRCA1 genem.

Tento kit obsahuje 9 kontrol kvality fragmentů, které generují amplifikační produkty mezi 64 a 105 nt: čtyři kvantitativní DNA fragmenty (Q-fragmenty), tři denaturační DNA fragmenty (D-fragmenty), jeden chromozóm X a jeden Y chromozóm specifický fragment. Více informací o tom, jak interpretovat výsledky z těchto kontrolních fragmentů lze nalézt v MLPA obecném protokolu.

Pozitivní kontroly

V případě, že nemáte k dispozici pozitivní DNA ve Vaší laboratoři, syntetický pozitivní vzorek duplikace DNA pro BRCA (název produktu SD024) lze objednat u MRC-Holland. Tato SD024 DNA vykazuje duplikaci tří sond při použití následujících kitů: P002 a P087 BRCA1; P045, P090 a P077 BRCA2. SD024 DNA je směs ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami.


SALSA MLPA P102 HBB

  • aplikace: beta0 talasémie

  • oblast: HBB 11p15.5

  • verze: C1

Tento kit je určen pouze pro výzkumné účely (RUO) pro detekci změn počtu kopií v lidském HBB genu a není určen pro použití jako samostatný test pro klinické rozhodování. Většina defektů v oblasti genu HBB jsou bodové mutace, z nichž většina nejsou detekovány MLPA. Proto se doporučuje používat tento SALSA MLPA kit v kombinaci se sekvenční analýzou.

Klinické pozadí

Srpkovitá anémie a beta talasémie vznikají v důsledku mutace a absence beta globinových polypeptidových řetězců. Beta globinový genový klastr u člověka zabírá cca 45 kb na chromozomu 11 a zahrnuje 5 funkčních genů a 1 pseudogen. Chromozomální pořadí genů je: 5'-epsilon, gamaG, gama A, beta 1 pseudogen, delta, beta-3´. Tyto beta-like geny mají stejnou celkovou exonovou strukturu a jsou zřejmě odvozeny z jednoho výchozího genu. Epsilon a dva gama globinové geny jsou exprimovány v časných embryonálních a fetálních erytroidních tkáních, zatímco delta a beta globinové geny jsou exprimovány v dospělosti.

U tohoto MLPA kitu se očekává, že odhalí přibližně 10 % všech mutací HBB ve většině populací (Tritipsombut, 2012).

Dva epsilon řetězce v kombinaci s dvěma zeta řetězci tvoří embryonální hemoglobin Hb GowerI; dva epsilon řetězce spolu s dvěma alfa řetězci tvoří embryonální Hb GowerII. Dva gama řetězce v kombinaci s dvěma alfa řetězci tvoří fetální hemoglobin Hbf. Konečně, dva alfa řetězce a dva beta řetězce tvoří HBA, který u normálních jedinců dospělého věku představuje cca 97 % z celkového hemoglobinu.

Obsah kitu P102-C1

  • 49 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 130 a 502 nt
  • 39 sond pro oblast genu HBB
  • 10 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast

Jedna z těchto 39 sond (214 nt) je specifická pro hemoglobinovou S mutaci (rs334) a bude tedy generovat signál v převážné většině vzorků. 219 nt sonda indikuje počet kopií divokého typu alely této mutace. Hemoglobinová S mutace je příčinou srpkovité anémie a je často nalézána u Afričanů a Afroameričanů.

Testovací vzorek DNA

DNA vzorek SD029 je součástí každé zásilky P102 HBB kitu a může být použit pro test hemoglobinové S mutace (rs334) specifické sondy (05830-L05307). Zahrnutí jedné reakce s 5 ul S D029 DNA do MLPA experimentu se doporučuje, protože může být použito pro pomoc při analýze dat z píků pomocí softwaru Coffalyser.NET a jako umělá pozitivní kontrola pro specifickoubodovou mutaci.

Tento produkt je určen pouze pro výzkumné účely (RUO).

Vzorek SD by nikdy neměl být použit jako referenční vzorek pro analýzu dat MLPA. Taky by se neměl používat pro kvantifikaci mutačních signálů, neboť k tomuto účelu by měly být použity opravdové vzorky pozitivních pacientů nebo buněčné linie. Doporučujeme používat vzorky a referenční DNA extrahované stejným způsobem a pocházející ze stejného zdroje tkáně. Pro další informace se obraťte na popis SD produktu.


SALSA MLPA P095 Aneuploidy

  • aplikace: Downův syndrom, Edwardsův syndrom, Pataův syndrom

  • oblast: Chr. 13, 18, 21, X, Y

  • verze: A3

Salsa MLPA probemix P095 Aneuploidy:

  • Země EU a ESVO: CE označení pro in vitro diagnostiku.
  • Všechny ostatní země: RUO.

Tento výrobek je určen ke stanovení počtu kopií DNA osmi sekvencí na každém ze čtyř lidských chromozomů (13,18, 21, X) a čtyř sekvencí na chromozomu Y, kit je určen pro detekci a neuploidie jednoho z těchto chromozomů v prenatálních a postnatálních vzorcích DNA.

  • Izolovaná DNA z prenatálních vzorků by měla být z (1) plodové vody získané v 16. týdnu těhotenství nebo novější a bez kontaminace krve, (2) nekultivovaných choriových klků bez maternální kontaminace, nebo (3) z fetální krve.
  • Izolovaná DNA z postnatálních vzorků by měla být z krve nebo bukálních stěrů.

Tento kit lze použít pro stanovení počáteční diagnózy nebo potvrzení výsledků z jiných metod. Tento kit neumí rozlišit normální karyotyp (46, XX) od triploidního karyotypu (69, XXX) u žen.

Klinické pozadí

Zárodečná aneuploidie kompletního chromozomu obvykle vede k potratu. Mezi nejčastější případy abnormálního počtu kopií chromozomů v době narození jsou extra chromozomy 13, 18 nebo 21, z nichž každý vede k mentální retardaci a dalším poruchám, nebo přítomnost extra nebo absence pohlavních chromozomů (např.X0, XXY, XYY) - s mnohem méně závažnými následky. Úplné trizomie tvoří většinu případů, zatímco menšina vyplývá z dílčích chromozomálních duplikací nebo mozaik.

Metody používané k detekci suspektních a neuploidií zahrnují karyotypování, FISH, kvantitativní PCR (zejména QF-PCR krátkých tandemových repetic), MLPA, (array) - CGH a vysokokapacitní sekvenování. Bez ohledu na používanou metodu detekce, aneuploidie lze diagnostikovat prenatálně ve vzorcích z plodové vody, choriových klků, fetální krve nebo z volně cirkulující fetální DNA v mateřské plazmě (NIPD). Pro analýzu vzorků post natálních, DNA odvozená z krve nebo bukálních stěrů se běžně používá.

Obsah kitu

  • 36 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 136 a 454 nt
  • osm sond pro každý chromozom 13, 18, 21 a X
  • čtyři sondy pro chromozom Y

Více informací o aneuploidiích je k dispozici zde. Několik publikací o kitu P095 Aneuploidy a několik článků porovnávající různé metody pro testování aneuploidií:

Soubory ke stažení, které by se vám mohly hodit


SALSA MLPA P036 Subtelomeres Mix 1

  • aplikace: Testování subtelomer

  • oblast: Všechny subtelomery

  • verze: E2

SALSA MLPA probemix P036 Subtelomeres Mix 1

  • EU (kandidátní) členské státy a členové EFTA: CE označení pro diagnostiku in vitro (IVD).
  • Všechny ostatní země: pouze pro výzkumné účely (RUO).

Tento výrobek je určen k detekcidelece(í) a/nebo duplikace(í) v subtelomerických regionech, které jsou potenciální příčinou vývojového opoždění, dysmorfických rysů, ostatních vrozených vad a / nebo ztráty těhotenství. Kit může být použit na lidskou DNA odvozenou z periferní krve, bukálních stěrů a z nekultivovaných amniocytů nebo choriových klků. Zjištěné abnormality by měly být vždy potvrzeny uvedeným MLPA navazujícím kitem nebo jinou metodou.

Klinické pozadí

Aberantní počet kopií subtelomerických regionů, např. v důsledku nebalancované translokace, je častou příčinou opožděného vývoje a vrozených vad. MLPA kit P036 Subtelomeres Mix 1 je určen k identifikaci jedinců se změnou v počtu kopií jedné nebo více subtelomerických oblastí. Míra detekce silně závisí na souboru testovaných pacientů: Ahnetal. (2007) zjistili míru detekce 5,9 % při testování 455 pacientů; Stegmanna kol. (2008) získali míru detekce 3,9 % při testování souboru pacientů, ve kterém normální G-pruhování nezjistilo žádné abnormality. Viz zde. Všimněte si, že MLPA nemůže identifikovat balancované translokace a má nižší míru detekce než microarray analýza.

P036-E2 Subtelomeres Mix 1 obsahuje:

  • 47 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 118 a 483 nt
  • 2 sondy pro každý chromozom
  • 1 sondu pro jedinečnou oblast chromozomu Y
  • 41 sond je umístěno v subtelomerických regionech.

Žádné sondy nejsou přítomny pro subtelomerické oblasti 5 akrocentrických chromozomů (13, 14, 15, 21, 22). Pro tyto chromozomy je zahrnuta zvláštní sonda pro detekci q raménka (např. "13p") v blízkosti centromery. Subtelomerické sondy pro chromozomy X a Y jsou stejné, neboť detekují sekvence v pseudo autozomálních oblastech (PAR1 aPAR2).

Syntetická DNA s duplikací pro tento kit

DNA vzorek SD025 se skládá ze směsi ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami, které jsou přítomny v P036-E2. Je-li P036-E2 použit na SD025, budou označené sondy vykazovat duplikaci. SD025 lze objednat i samostatně.

Další soubory ke stažení:


MLPA P002 BRCA1 

Očekává se, že zlepšená verze P002 BRCA1 kitu bude k dispozici na konci léta. V nové verzi je dalších 12 BRCA1 sond, což má za následek lepší pokrytí dlouhého exonu 11. Nové sondy jsou také přítomny pro exony 13, 16, 24 a pro promotorové oblasti. Ligační místa současných BRCA1 sond zůstaly beze změny s výjimkou jedné sondy pro exon 24.


MLPA P008 PMS2

PMS2 sondy pro exony 3 a 4 ve verzi P008-B se ukázaly být málo specifické. Část signálu generovaného těmito sondami byla generována v důsledku přítomnosti jednoho nebo více PMS2 pseudogenů, kterých je celkem 10. PMS2 sondy pro exony 3 a 4 byly nahrazeny v nové verzi P008-C1. Specifita nových sond byla prokázána testováním vzorku od pacienta s homogenní delecí téměř kompletního PMS2 genu, který nám byl laskavě poskytnut z Baylor College.


MLPA P056 TP53

Ve srovnání s předchozí verzí (šarže B1-1011) je většina referenčních a doprovodných sond nahrazena a několik nových sond je přidáno. Kromě toho byla přidána jedna sonda pro TP53 exon 9a a jedna sonda před TP53 exon 11. Dále se nahradila jedna CHEK2 sonda a přidala ještě jedna CHEK2 sonda.


MLPA P140 HBA

Při použití aktuální verze B4 bylo někdy obtížné rozlišit malé delece vzniklé genovou konverzí, neboť jen jedna sekvence z dvojice blízce příbuzných sekvencí je detekována sondou. V nové verzi C1 jsme navrhli pět párů sond, které zajistí detekci přesného počtu kopií obou těchto blízce příbuzných sekvencí v oblasti HBA1/HBA2. Tři sondy jsou přítomny pro detekci sekvencí, které jsou identické v HBA1 a HBA2, a tak detekují čtyři kopie v buňce u většiny jedinců. Kromě toho bylo zahrnuto 5 dalších doprovodných sond pro centromerickou oblast HBA. Kompletní popis nového P140 kitu je k dispozici na vyžádání.

Nová verze P140 HBA kitu byla testována v několika laboratořích v posledních měsících. Na základě jejich pozitivní zpětné vazby tato nová verze nahradila náš dosavadní výrobek. Aktuální verze bude i nadále k dispozici na požádání alespoň do konce léta.


MLPA P294 Tumour loss

Ve srovnání s verzí A1-1008 bylo do kitu přidáno dvanáct nových referenčních sond, což umožňuje robustnější analýzu dat u nádorových vzorků. Kromě toho bylo několik cílových sond buď nahrazeno, nebo prodlouženo.


MLPA P370 BRAF-IDH1-IDH2

Ve srovnání s verzí A1-1110 bylo pro geny FGFR1, MYB a MYBL1 zahrnuto několik nových sond, protože tyto geny jsou důležité pro rozlišení molekulárních podtypů gliomů. Několik sond bylo také nahrazeno na raménkách 3p, 7q a 9p a také byla nahrazena většina referenčních sond.


Kontaktujte nás

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
Fax: +420 241 401 694
E-mail: biogen@biogen.cz

Novinky na e-mail

Vaše osobní údaje nejsou nikde zveřejňovány a splňují požadavky GDPR.