Úvod Magazín SALSA® MLPA® probemix P060-B2 pro in vitro diagnostiku SMA

SALSA® MLPA® probemix P060-B2 pro in vitro diagnostiku SMA

Verze B2. V porovnání s kitem B1, 88 a 96 nt DNA denaturační kontrolní fragmenty byly nahrazeny (QDX2). Více informací je uvedeno níže.

Katalogová čísla:

  • P060-025R: SALSA® MLPA® probemix P060 SMA, 25 reakcí.
  • P060-050R: SALSA® MLPA® probemix P060 SMA, 50 reakcí.
  • P060-100R: SALSA® MLPA® probemix P060 SMA, 100 reakcí.

K použití v kombinaci s kitem SALSA® MLPA® EK1 (100 reakcí) nebo EK5 (500 reakcí). MLPA reagenční kity jsou k dispozici s různými fluorescenčními barvivy: EK1-FAM, EK5-FAM (Applied Biosystems sekvenátory) a EK1-Cy5.0, EK5-Cy5.0 (Beckman sekvenátory).

Certifikát analýzy: Informace o podmínkách skladování, testech kvality a vzoru elektroforeogramu z aktuální šarže je k dispozici na adrese www.mlpa.com.

Bezpečnostní opatření a varování: Pouze pro profesionální použití. Vždy si před použitím pročtěte nejnovější popis produktu a MLPA nebo MS-MLPA obecný protokol: ww.mlpa.com. Je odpovědností uživatele, aby se seznámil s nejnovějšími vědeckými poznatky, než bude vyvozovat závěry z výsledků získaných s tímto produktem.

Účel použití: Tento SALSA® MLPA® probemix P060 SMA je test pro in vitro diagnostiku (IVD)1 nebo pouze pro výzkumné účely (RUO) a detekuje změny v počtu kopií exonů 7 a 8 SMN1 a SMN2 u přenašečů spinální muskulární atrofie (SMA).

Tento test může být použit s lidskou DNA odvozenou z periferní krve, nekultivovaných amniocytů a choriových klků. Výsledky tohoto testu jsou určeny pro interpretaci klinickým genetikem nebo molekulárním odborníkem.


1Berte prosím na vědomí, že tento kit je pro in vitro diagnostické použití (IVD) v zemích uvedených v Osvědčení o analýze, které je k dispozici na www.mlpa.com. Ve všech ostatních zemích je výrobek určen pouze pro výzkumné účely (RUO).

Klinické pozadí

Spinální svalová atrofie (SMA) je neuromuskulární porucha charakterizovaná degenerací buněk předních míšních rohů, což vede k symetrické svalové slabosti a atrofii. Odhadovaná incidence SMA je 1:6 000 -1:10 000. Po cystické fibróze jde o druhou nejčastější smrtelnou autozomálně recesivní poruchu u bělochů (Ben-Shachar et al. 2011, Smith et al., 2007). SMA je obvykle rozdělena do čtyř klinických skupin na základě věku nástupu onemocnění a stupni postižení (typ I, OMIM # 253300; typ II, OMIM # 253550; typ III, OMIM # 253400; typ IV, OMIM # 271150).

Dva (vysoce podobné) geny hrají klíčovou roli v SMA: SMN1 a SMN2. Většina lidí má dvě kopie každého genu. Region SMA na 5q13.2 obsahuje telomerní SMN1 a centromerický SMN2. Tato oblast je komplikovaná díky invertovaným repeticím, které vykazují vysokou nestabilitu, což vede k častým delecím a genovým konverzím. SMN1 a SMN2 mohou být rozlišeny pouze dvěma jedno-nukleotidovými rozdíly: jeden v exonu 7 a jeden v exonu 8. Jedno-nukleotidový rozdíl v exonu 7 SMN2 ovlivňuje sestřih mRNA, což vede ke změně SMN proteinu s omezeným poločasem a funkcí.

U koho se SMA vyskytuje

95-98 % pacientů s SMA (51 % SMA pacientů z černošské jihoafrické populace) vykazuje homozygotní deleci přinejmenším exonu 7 telomerního genu SMN1 (Labrum et al., 2007). Zbývajících 3-5 % pacientů vykazují kombinovanou heterozygotnost s bodovou mutací na jednom chromozomu a deleci / genovou konverzi na druhém chromozomu. Takováto bodová mutace nebude detekována tímto testem P060 SMA MLPA a měla by být identifikována sekvenování. U velmi malého počtu pacientů je přítomna změna v počtu kopií SMN1 exonů 1-6, která může být detekovatelná s kitem P021 SMA MLPA (Arkblad et al., 2006).

Velká většina přenašečů SMA může být identifikována na základě přítomnosti pouze jediné kopie SMN1 exonu 7. Frekvence jedné kopie v USA se odhaduje na 1:37 pro bělochy, 1:46 pro Ashkenazi Židy, 1:56 pro Asiaty, 1:91 pro Afro-Američany a 1: 125 pro Hispánce. Navíc, asi 3-8% z přenašečů SMA (27% Afro-Američanů) mají dvě kopie SMN1 na jednom chromozomu a žádnou kopii na druhém (2 + 0) (Alias ​​et al. 2014, Ben-Shachar et al. 2011, Hendrickson et al. 2009, Miskovic et al. 2011, Smith et al. 2007). Analýza dávky nemůže určit rozdíl mezi uspořádáním '1+1' a '2+0' (tichý přenašeč). Obě situace jsou prostě detekovány jako dvě kopie SMN1 a vedou k falešně negativním výsledkům. Důkladná molekulární analýza by měla být provedena u rodičů a pokrevních příbuzných pacientů s SMA, pokud počáteční výsledky ukazují dvě kopie SMN1.

V poslední době, Luo et al. (2014) publikovali, že haplotypový blok specifický pro SMN1 duplikace je přítomen u velkého procenta Ashkenazi Židů a dalších etnických skupin. Identifikace tohoto haplotypu pomůže rozlišit tiché přenašeče. V případě zájmu o více informací o tomto haplotypu, kontaktujte info@mlpa.com.

Počet kopií SMN2  je velmi variabilní a pouze 60 až 70 % jedinců má dvě kopie. Za předpokladu, že alespoň jedna funkční kopie SMN1 je přítomna, kompletní absence centromerického SMN2 genu zřejmě nemá žádné klinické důsledky. Nicméně, stanovit počet kopií SMN2 je důležité pro pacienty SMA: více SMN2 kopií, předpokládá se méně závažné onemocnění. Více informací o spinální muskulární atrofii lze nalézt na této adrese.

Struktura genu:

  • SMN1 a SMN2, z nichž každý má 9 exonů, jsou součástí 500 kb invertované duplikace na chromozomu 5q13.
  • SMN1 LRG_676 je k dispozici zde a je shodná s Genbank NG_008691.1. SMN2 LRG_677 čeká na schválení a je totožná s GenBank NG_008728.1.

Transkripční varianty:

  • SMN1 - byly popsány tři transkripční varianty: www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6606. SMN1 transkripční varianta d (NM_000344.3, 1641 bp, kódující sekvence 164-1048) je nejdelší a nejvíce převládající transkript. SMN1 transkripční varianta a (NM_001297715.1) a transkripční varianta b (NM_022874.2) jsou kratší varianty ve srovnání s variantou d.
  • SMN2 - čtyři transkripční varianty byly popsány zde. SMN2 transkripční varianta d (NM_017411.3,1634 bp, kódující sekvence 164-1048) kóduje nejdelší transkript. SMN2 transkripční varianta a (NM_022875.2) postrádá alternativní exon v 3´CDS  ve srovnání s variantou d a zřejmě je to převládající transkript. SMN2 transkripční varianta b (NM_022876.2) a transkripční varianta c (NM_022877.2) jsou kratší než transkripční varianta d.

Číslování exonů: Číslování exonů použité v tomto popisu P060-B2 SMA produktu a v listech P060-B2 SMA pro specifické analýzy v Coffalyser.Net je tradiční číslování exonů (exony 1, 2a, 2b, a 3-8).

Vezměte prosím na vědomí, že číslování SMN1 a SMN2 exonů je odlišné u SMN1 a SMN2 LRG sekvence a referenční sekvence NCBI NG_008691.1 a NG_008728.1.

Obsah P060-B2 kitu:

Tento SALSA® MLPA® kit P060 SMA obsahuje 21 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 154 a 342 nt (Tabulka 2), včetně 2 sond pro SMN1 a SMN2 (Tabulka 2), a 17 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast. Identita genů detekována referenčními sondami je k dispozici on-line (www.mlpa.com).

  • SMN1 Exon 7 sonda 14919-L17081 (183 nt) je nejdůležitější sonda, neboť může být použita pro stanovení počtu kopií SMN1, což je důležité pro odvození statusu SMA přenašeče. Tato sonda je specifická pro SMN1 a na SMN2 negeneruje žádný významný signál. Sonda má ligační místo v transzici C na T v exonu 7, což je místo ovlivňující sestřih RNA v SMN2.
  • SMN1 Exon 8 sonda 14881-L17082 (218 nt) je schopna rozlišovat mezi SMN1 a SMN2 v exonu 8 (G-A transzice). Signál z této sondy udává počet kopií SMN1 exonu 8. U přibližně 95 % vzorků, počet kopií zjištěných SMN1 exon 7 sondou a SMN1 exon 8 sondou je stejný. Tato SMN1 exon 8 sonda nemůže být použita pro kvantifikaci počtu kopií SMN1, neboť mutace v exonu 8 má za následek funkční protein. SMN1 exon 7 sonda by měla být použita pouze na určení počtu kopií SMN1. Ve většině zbývajících 5 % vzorků, genová konverze mezi SMN1 a SMN2 má za následek chimérický gen, který obsahuje sekvenci SMN1 exonu 7 a sekvenci SMN2 exonu 8. Tento hybridní gen kóduje protein funkčně identický s SMN1 proteinem.
  • SMN2 Exon 7 sonda 14921-L17083 (282 nt) udává počet kopií SMN2, což je důležité pro pacienty SMA, ale nemá žádný vliv na SMA status přenašeče.
  • SMN2 Exon 8 sonda 14878-L17084 (301 nt) potvrzuje výsledky získané SMN2 exon 7 sondou u většiny jedinců. V případě, že počet kopií detekovaných touto exon 8 sondou neodpovídá počtu detekovaným exon 7 sondou, měla by být pouze exon 7 sonda použita pro určení počtu kopií SMN2.

Souhrn detekovaných nálezů a jejich důsledek pro přenašeče/pacienta (tabulka 1)


Tento kit obsahuje devět kontrolních fragmentů, které generují amplifikační produkty mezi 64 a 105 nt: čtyři DNA kvantitativní fragmenty (Q-fragmenty), tři DNA denaturační fragmenty (D-fragmenty), a jeden chromozóm X a jeden chromozóm Y-specifický fragment (Tabulka 2). Q-fragmenty jsou viditelné pouze, pokud je použito méně než 100 ng DNA vzorku. Nízký signál 88 nebo 96 nt fragmentu naznačuje neúplnou DNA denaturaci. Více informací o tom, jak interpretovat výsledky z těchto kontrolních fragmentů, můžete nalézt v (MS-) MLPA obecném protokolu.

MLPA metoda: Principy (MS) MLPA metody (Nygren et al 2005, Schouten et al 2002) jsou popsány v (MS) MLPA obecném protokolu (www.mlpa.com).

Validace MLPA metody: Interní validace (MS) MLPA metody na 16 vzorcích DNA ze zdravých jedinců je nezbytná, a to zejména při prvním použití (MS-) MLPA, nebo při změně
zpracování vzorků, metodě extrakce DNA nebo používaného přístroje. Tato validace by měla vykazovat standardní odchylku <0,10 pro všechny referenční vzorky v experimentu.

Požadavky na vzorky: Izolovaná DNA z periferní krve, nekultivovaných amniocytů a choriových klků, bez nečistot, které ovlivňují MLPA reakci. Více informací naleznete v části o zpracování DNA vzorku v (MS-) MLPA obecném protokolu.

Referenční vzorky: Výběr referenčních vzorků je důležitý pro správné stanovení počtu kopií SMN1 a SMN2. MRC-Holland není schopen poskytnout referenční vzorky DNA. Jedním z důvodů je, že pro MLPA reakce by referenční vzorky DNA měly být odvozeny ze stejného typu tkáně, zpracovány za použití stejného postupu a připraveny za použití stejného způsobu, jako je například extrakce DNA ze vzorku pacienta. Proto důrazně doporučujeme, abyste nejprve provedli výběr vhodných referenčních vzorků se známým počtem kopií, než začnete provádět testování SMA. Zejména vhodné referenční vzorky jsou nezbytné při testování pacientů s Africkými předky. Jedním ze způsobů, jak toho dosáhnout, je otestovat určitý počet (např. 16) zdravých jedinců, kteří jsou z rodin bez anamnézy SMA a mají dvě kopie SMN1 i SMN2. Další informace týkající se výběru a použití referenčních vzorků lze nalézt v (MS-) MLPA obecném protokolu.

Máte-li jakékoli pochybnosti o počtu kopií SMN1 / SMN2 u vašich referenčních vzorků, SD019 (SALSA Reference DNA) může usnadnit identifikaci vhodných referenčních vzorků DNA. Vezměte prosím na vědomí, že SD019 je pouze pro výzkumné účely (RUO). Doporučujeme používat SD019 pouze pro první pokusy na vzorcích DNA od zdravých jedinců s úmyslem identifikovat vhodné referenční vzorky DNA. Nedoporučujeme ji pro použití ve všech testech. Další podrobnosti najdete v popisu SD019 produktu na www.mlpa.com.

Pozitivní kontrolní vzorky DNA: MRC-Holland nemůže poskytnout pozitivní vzorky DNA. Zahrnutí pozitivních vzorků se doporučuje v každém experimentu.

Charakteristika výkonu testu: Očekávaný počet kavkazských SMA pacientů, který může být detekován pomocí tohoto MLPA kitu je mezi 95-98 %, což je více než u jiných populací. Pouze 51 % SMA pacientů z populace jihoafrických černochů mají homozygotní deleci genu SMN1. Analytická citlivost a specificita pro detekci delecí / duplikací v SMN1 a SMN2 genů (na základě přehledu literatury 2006-2014) je velmi vysoká a může být považována za> 99 %.

Výkon může být ohrožen: SNP nebo ostatními polymorfismy (např. indels) v cílové sekvenci DNA, nečistotami ve vzorku DNA, neúplnou DNA denaturací, použitím nedostatečného nebo příliš velkého množství vzorku DNA, použitím nedostatečných nebo nevhodných referenčních vzorků, problémy s kapilární elektroforézou nebo špatným postupem normalizace dat a dalšími technickými chybami. (MS) MLPA obecný protokol obsahuje technické pokyny a informace o hodnocení/normalizaci dat.

Analýza dat: Coffalyser.Net software musí být použit pro analýzu dat v kombinaci s listem pro specifickou šarži - MLPA Coffalyser list. Nejnovější verze by měla být použita a je volně ke stažení na www.mlpa.com. Použití jiného ne-proprietárního softwaru může vést k neprůkazným nebo falešným výsledkům. Metoda analýzy pro P060-B2 používá blokovou normalizaci. Normalizace výsledků by měla být provedena v jednom experimentu. Pro více informací o (MS) MLPA kontrole kvality a analýze dat, viz Coffalyser.Net Manual.

Interpretace výsledků: Očekávané výsledky pro SMN1 a SMN2 specifické MLPA sondy jsou počty kopií alel 2 (normální), 0 (homozygotní delece), 1 (heterozygotní delece), 3 a občas 4. Počet kopií alel 3 nebo 4 je obvykle způsoben genovou konverzí.

Standardní odchylka všech sond v referenčních vzorcích by měla být <0,10 a kvocient dávky (DQ) referenčních sond ve vzorcích pacientů by měl být mezi 0,80 a 1,20. Pokud jsou tato kritéria splněna, následující mezní hodnoty pro DQ sond mohou být použity k interpretaci výsledků MLPA

Interpretace výsledku MLPA

 

Tabulka 1: Přehled očekávaných výsledků a odpovídajících závěrů 

Nález Závěr Vysvětlení
SMA symptomy
  • SMN1 exon 7: 0 kopií.
  • SMN1 exon 8: 0 kopií.
SMA pacient SMN1 chybí, není přítomna žádná kopie SMN1 exonu 7. Absence obou kopií SMN1 exonu 8 toto potvrzuje.
SMA symptomy
  • SMN1 exon 7: 0 kopií.
  • SMN1 exon 8: 1 nebo více kopií.
SMA pacient SMN1 chybí, nejsou detekovány žádné kopie sekvence SMN1 exonu 7. V důsledku genové konverze, 1 nebo více kopií SMN1 exonu 8 jsou zřejmě začleněny do SMN2 genu.
SMA symptomy
  • SMN1 exon 7: 1 kopie.
SMA pacient Pokud má pacient příznaky SMA, ale jen jedna kopie SMN1 exonu 7 je přítomna, může pacient patřit do skupiny s kombinovanou heterozygozitou. Sekvenování by mělo odhalit defekt zbývající SMN1 kopie.
Žádné SMA symptomy
  • SMN1 exon 7: 1 kopie.
  • SMN1 exon 8: 1 kopie.
SMA přenašeč Jedna kopie SMN1 chybí, takže osoba je přenašeč. Nepřítomnost jedné kopie sekvence SMN1 exonu 8 toto potvrzuje.
Žádné SMA symptomy
  • SMN1 exon 7: 1 kopie.
  • A: SMN1 exon 8 kopie > 1.
  • B: SMN1 exon 8 kopie = 0.
SMA přenašeč Jedna kopie SMN1 chybí, takže tato osoba je přenašeč.
A: kvůli genové konverzi, 1 (nebo více) kopií SMN1 exonu 8 byly začleněny do SMN2 genu.
B: SMN2 exon 8 kopii nahradila kopie SMN1 exonu 8.
Žádné SMA symptomy
  • 2 kopie SMN1 exonu 7.
S největší pravděpodobností není SMA přenašeč. S největší pravděpodobností tato osoba není přenašeč. Nicméně, je zde možnost, že obě kopie SMN1 mohou ležet na jednom chromozomu. Pokud existuje důvod domnívat se, že osoba je přenašeč (tj. dítě je SMA pacient), on / ona může patřit do 3-8 %
přenašečů, kde je to skutečný případ.

  • Analýza rodičovských vzorků může být nezbytná pro správnou interpretaci komplexních výsledků.
  • Falešně pozitivní výsledky: Vezměte prosím na vědomí, že abnormality zjištěné jedinou sondou (nebo více po sobě jdoucích sond) mají stále značnou šanci být falešně pozitivní výsledek. Abnormality detekované jednou sondou mohou být díky SNP v těsné blízkosti ligačního místa. Sekvenační analýza může prokázat, zda jsou v cílové sekvenci sondy mutace nebo polymorfismy.
  • Falešné pozitivní výsledkyduplikace: Kontaminace DNA vzorků cDNA nebo PCR amplikony z jednotlivých exonů může vést k falešně pozitivním duplikacím (Varga et al., 2012). Analýza nezávisle odebraného vzorku sekundární DNA může vyloučit tento typ artefaktů.
  • Změny v počtu kopií detekované referenčními sondami nebudou mít pravděpodobně žádný vztah k testovanému onemocnění.

Poznámky k výsledkům u SMA

Skríning přenašečů SMA:

  • Falešně negativní výsledky: Přítomnost dvou kopií SMN1 exonu 7 naznačuje, že testovaná osoba není přenašeč. Avšak tento výsledek může být také v důsledku přítomnosti dvou kopií SMN1 na jednom chromozomu a žádné kopie na druhém, přičemž v tomto případě testovaná osoba je ve skutečnosti přenašeč SMA. Detekce některých přenašečů je proto komplikovaná, neboť MLPA a jiné techniky nejsou schopni identifikovat přenašeče, kteří mají jeden chromozóm bez SMN1 a druhý chromozóm nese dvě kopie SMN1.
  • Falešně pozitivní výsledky: Vezměte prosím na vědomí, že jednotlivé MLPA sondy mohou být ovlivněny odlišnými změnami v experimentálním postupu nebo nečistotami ve vzorcích. Velmi nepravděpodobné výsledky, jako je neobvykle vysoká frekvence ztráty SMN1 exonu 7 (přenašeč) nebo zisk SMN1 exonu 7 bez ztráty nebo zisku exonu 8 ve většině z těchto vzorků, by měly být hodnoceny s opatrností.

Limitace metody:

  • MLPA nemůže zjistit žádné změny, které leží mimo cílovou sekvenci sond a nezjistí počet kopií neutrální inverze nebo translokace. I když MLPA nedetekuje žádné aberace,
    zůstává možnost, že existují biologické změny v tomto genu nebo chromozomální oblasti, ale zůstávají nezjištěné.
  • Změny sekvence (např. SNP, bodové mutace, malé indels) v cílové sekvenci sondy mohou způsobit falešně pozitivní výsledky. Mutace / SNP (i když> 20 nt od ligačního místa sondy) může snižovat signál sondy tím, že brání ligaci oligonukleotidové sondy nebo destabilizuje vazbu sondy na DNA.

Prosím, oznamte změny v počtu kopií detekované referenčními sondami, falešně pozitivní výsledky kvůli SNP a neobvyklé výsledky do MRC-Holland: info@mlpa.com.

Potvrzení výsledků: Pro validaci pozitivních výsledků je vhodné opakovat MLPA reakce s nezávislým vzorkem DNA (nezávislá extrakce DNA). Nicméně, zřejmá delece
detekovaná jedinou sondou může být způsobena např. mutací / polymorfismem, který zabraňuje ligaci nebo destabilizuje vazbu sondy na DNA. Sekvenační analýza může stanovit, zda mutace nebo polymorfismy jsou přítomny v cílové sekvenci sondy. 

Table 2

 

a) Číslování exonů použité v tomto popisu P060-B2 SMA produktu a v listech P060-B2 SMA pro specifické analýzy v Coffalyser.Net je tradiční číslování exonů (exony 1, 2a, 2b, a 3-8). Vezměte prosím na vědomí, že číslování SMN1 a SMN2 exonů je odlišné u SMN1 a SMN2 LRG sekvence a referenční sekvence NCBI NG_008691.1 a NG_008728.1.

Table 3

a) Číslování exonů použité v tomto popisu P060-B2 SMA produktu a v listech P060-B2 SMA pro specifické analýzy v Coffalyser.Net je tradiční číslování exonů (exony 1, 2a, 2b, a 3-8). Vezměte prosím na vědomí, že číslování SMN1 a SMN2 exonů je odlišné u SMN1 a SMN2 LRG sekvence a referenční sekvence NCBI NG_008691.1 a NG_008728.1.
b) Sekvence sond nejsou uvedeny celé. Kompletní sekvence sond jsou dostupné na www.mlpa.com.

Ukázky elektroforeogramů při použití kitu SALSA MLPA P060 SMA

Obr. 1-Kontrolní vzorek, Obr.2 – SMA přenašeč, Obr.3 – DNA muže (3x SMN1,1x SMN2), Obr.4-DNA ženy (4x SMN1,0x SMN2).

Elektroforeogram

Elektroforeogram

Historie změn v produktu P060 SMA

Historie změn

Související SALSA® MLPA® kity

  • P021 SMA - Spinální muskulární atrofie (SMA), detekuje změny v počtu kopií SMN1 a SMN2 (pacienti).
  • P058 IGHMBP2 – Autosomálně recesivní distální spinální muskulární atrofie 1 (DSMA1), obsahuje sondy pro gen IGHMBP2.

Související kity


Reference

  • Alias L et al. (2014). Improving detection and genetic counseling in carriers of spinal muscular atrophy with two copies of the SMN1 gene. Clin Genet. 85:470-475.
  • Arkblad EL et al. (2006). Multiplex ligation-dependent probe amplification improves diagnostics in spinal muscular atrophy. Neuromuscul Disord. 16:830-838.
  • Ben-Shachar S et al. (2011). Large-scale population screening for spinal muscular atrophy: clinical implications. Genet Med. 13:110-114.
  • Hendrickson BC et al. (2009). Differences in SMN1 allele frequencies among ethnic groups within North America. J Med Genet. 46:641-644.
  • Labrum R et al. (2007). The molecular basis of spinal muscular atrophy (SMA) in South African black patients. Neuromuscul Disord. 17:684-692.
  • Luo M et al. (2014). An Ashkenazi Jewish SMN1 haplotype specific to duplication alleles improves pan-ethnic carrier screening for spinal muscular atrophy. Genet Med. 16:149-156.
  • Miskovic M et al. (2011). Lower incidence of deletions in the survival of motor neuron gene and the neuronal apoptosis inhibitory protein gene in children with spinal muscular atrophy from Serbia. Tohoku J Exp Med. 225:153-159.
  • Nygren AO et al. (2005). Methylation-specific MLPA (MS-MLPA): simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences. Nucleic acids research. 33:e128.
  • Schouten JP et al. (2002). Relative quantification of 40 nucleic acid sequences by multiplex ligation-dependent probe amplification. Nucleic Acids Res. 30:e57.
  • Smith M et al. (2007). Population screening and cascade testing for carriers of SMA. Eur J Hum Genet. 15:759-766.
  • Varga RE et al. (2012). MLPA-based evidence for sequence gain: pitfalls in confirmation and necessity for exclusion of false positives. Anal Biochem. 421:799-801.

 

Vybrané publikace používající SALSA MLPA Probemix P021/P060 SMA

  • Alias L et al. (2011). Accuracy of marker analysis, quantitative real-time polymerase chain reaction, and multiple ligation-dependent probe amplification to determine SMN2 copy number in patients with spinal muscular atrophy. Genet Test Mol Biomarkers. 15:587-594.
  • Amara A et al. (2012). Correlation of SMN2, NAIP, p44, H4F5 and Occludin genes copy number with spinal muscular atrophy phenotype in Tunisian patients. Eur J Paediatr Neurol. 16:167-174.
  • CALÌ F et al. (2014). Carrier screening for spinal muscular atrophy in Italian population. J Genet. 93:179.
  • Cao YY et al. (2013). [Detection of homozygous deletions in spinal muscular atrophy with genomic DNA sequencing]. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi. 30:410-414.
  • DING Y et al. (2012). Application of muhiplex ligation-dependent probe amplification in molecular diagnosis of spinal muscular atrophy. Journal of Clinical Pediatrics. 11:002.
  • Eggermann T et al. (2008). A new splice site mutation in the SMN1 gene causes discrepant results in SMN1 deletion screening approaches. Neuromuscul Disord. 18:146-149.
  • He J et al. (2013). Molecular analysis of SMN1, SMN2, NAIP, GTF2H2, and H4F5 genes in 157 Chinese patients with spinal muscular atrophy. Gene. 518:325-329.
  • Huang C-H et al. (2007). Copy number analysis of survival motor neuron genes by multiplex ligation-dependent probe amplification. Genet Med. 9:241-248.
  • Jin YW et al. (2012). [Limitation of PCR-RFLP method for the detection of genetic mutations in spinal muscular atrophy]. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi. 29:34-37.
  • Kang SH et al. (2009). False homozygous deletions of SMN1 exon 7 using Dra I PCR-RFLP caused by a novel mutation in spinal muscular atrophy. Genet Test Mol Biomarkers. 13:511-513.
  • Kim J et al. (2010). Association between survivor motor neuron 2 (SMN2) gene homozygous deletion and sporadic lower motor neuron disease in a Korean population. Ann Clin Lab Sci. 40:368-374.
  • Landaburu I et al. (2013). Genetic testing of sperm donors for cystic fibrosis and spinal muscular atrophy: evaluation of clinical utility. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 170:183-187.
  • Lee J-B et al. (2012). Homozygous SMN2 deletion is a major risk factor among twenty-five Korean sporadic amyotrophic lateral sclerosis patients. Yonsei Med J. 53:53-57.
  • Miskovic M et al. (2014). Ten years of experience in molecular prenatal diagnosis and carrier testing for spinal muscular atrophy among families from Serbia. Int J Gynaecol Obstet. 124:55-58.
  • Najmabadi H et al. (2009). Quantitative analysis of SMN1 gene and estimation of SMN1 deletion carrier frequency in Iranian population based on real-time PCR. Genetics in the 3rd millennium. 7:1760-1760.
  • Strom CM et al. (2013). 1000 sample comparison of MLPA and RT-PCR for carrier detection and diagnostic testing for Spinal Muscular Atrophy Type 1. Open J Genet. 3:111.
  • Stuppia L et al. (2012). Use of the MLPA assay in the molecular diagnosis of gene copy number alterations in human genetic diseases. Int J Mol Sci. 13:3245-3276.
  • Tomaszewicz K et al. (2005). Detection of homozygous and heterozygous SMN deletions of spinal muscular atrophy in a single assay with multiplex ligation-dependent probe amplification. Beijing Da Xue Xue Bao. 37:55-57.

Kontaktujte nás

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
Fax: +420 241 401 694
E-mail: biogen@biogen.cz

Novinky na e-mail

Vaše osobní údaje nejsou nikde zveřejňovány a splňují požadavky GDPR.