Úvod Magazín MLPA kity: novinky na trhu SALSA MLPA kity: Máme pro vás 14 novinek

SALSA MLPA kity: Máme pro vás 14 novinek

V kategorii novinek MLPA kitů najdete:


SALSA MLPA P452 PLS3

  • aplikace: Osteogenesis imperfecta

  • oblast: Xq23

  • verze: A1

Tento SALSA MLPA kit doporučujeme pro detekci delecí/duplikací jedné nebo více sekvencí v genu PLS3 ve vzorku DNA. Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci amplifikačního produktu u mužů. Heterozygotní ženy budou oproti tomu rozpoznatelné díky snížení relativní plochy signálu (píku) o 35 - 50 %.

Výsledky doporučujeme vždy potvrdit jinými metodami

Mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může vést také ke snížení relativní výšky signálu, přestože není umístěn přímo v místě ligace. Některé signály jsou navíc citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní. Vždy proto ověřte nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Osteogenesis imperfecta

Databáze genomových variant popisuje několik změn v počtu kopií v této oblasti genomu, které byly nalezeny u zdravých jedinců.

Van Dijk et al (NEJM, 2013) identifikovali pět rodin s negativní analýzou COL1A1 / 2, ale s aberací v genu PLS3. U těchto pacientů s X-vázanou osteoporózou a zlomeninami bylo potvrzováno nebo vyloučeno osteogenesis imperfecta typu I.

Gen PLS3 (16 exonů, isoforma 1) pokrývá ~ 90 kb genomové DNA a je umístěn na Xq23, 115 Mb od p-telomery. Kit P452-A1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu PLS3 a jednu další sondu pro exony 1 a 16. Dvě sondy jsou součástí pro detekci transkripční varianty 3 exonu 1 (NM_001172335.2). Vyjma toho je v tomto kitu zahrnuto 8 referenčních sond pro detekci několika různých míst na X-chromozomu.

SALSA MLPA P457 DHCR7

  • aplikace: Smith–Lemli–Opitz syndrom

  • oblast: 11q13

  • verze: A1

Tento kit je určen k detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve níže uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku).

Mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci mohou vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Delece a duplikace zjištěné MLPA by proto měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, proto doporučujeme všem uživatelům ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků.

Podrobnosti o syndromu Smith–Lemli–Opitz

Smith-Lemli-Opitz syndrom (SLOS, MIM 270400) je autozomálně recesivní syndrom, který se fenotypově projevuje mentální retardací, dysmorfismem obličeje, syndaktylií druhého a třetího prstu a holoprosencefalií. Defekty v genu pro 7-dehydrocholesterol reduktázu (DHCR7) jsou hlavní příčinou SLOS. Protein kódovaný tímto genem je 7-dehydrocholesterol reduktáza, která hraje roli jako katalyzátor v konečném kroku biosyntézy cholesterolu. Defekty v DHCR7 mají za následek abnormality v metabolismu cholesterolu.

Gen  DHCR7 (9 exonů) pokrývá ~ 14 kb genomové DNA a je umístěn na 11q13.4, 71 MB od p-telomery. Kit P457-A1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu a tři sondy pro exon 9. Kromě toho, 12 referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu pro detekci několika různých míst na autozomálních chromozomech.

SALSA MLPA ME033 TNDM

  • aplikace: Transientní neonatální diabetesmellitus

  • oblast: 6q24

  • verze: A1

Tento SALSA MS - MLPA kit může být použit pro detekci aberantní metylace jedné nebo více sekvencí TNDM genů. Metylační úrovně se mohou lišit u různých tkání. Použijte DNA odvozenou ze stejného typu tkáně a izolovanou stejnou metodou jako referenční vzorek. Kit může být také použit k detekci delece / duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku).

Tento MLPA kit obsahuje 28 specifických sond

Do kitu jsou zahrnuty dvě sondy progen KCNJ11. Aktivační mutace tohoto genu jsou možnou příčinou TNDM. A konečně, 3 sondy pro gen kódující INS jsou přítomny. Recesivní ztráta funkčních mutací v genu INS, který kóduje preproinzulin, byly detekovány u několika pacientůsTNDM.

  • 8 sond pro PLAGL1 (6q24.2)
  • 4 sondy pro ZC2HC1B (umístěné těsnězaPLAGL1)
  • 7sond pro jiné geny v 6q24/6q25 oblasti
  • 4 sondy pro gen ZFP57 (6p22.1)
  • 3 sondy pro INS (11p15.5)
  • 2 sondy pro KCNJ11 (11p15.1)
  • 1 sonda s HhaI rozpoznávacím místem. Toto místo je nemetylované u většiny kontrolních vzorků DNA pocházejících z krve. Z tohoto důvodu není generován signál po HhaI štěpení u normálních kontrol a sonda může být použita pro ověření úplného štěpení enzymem HhaI (kontrolní sonda štěpení).
  • 10 referenčních sond, které detekují geny umístěné mimo cílové oblasti

Více o TNDM

Transientní neonatáln diabetesmellitus (TNDM) je forma diabetu, která se vyskytuje u dětí a je charakterizována těžkou retardac ínitroděložního růstu, hyperglykémií, dehydratací a absencí ketoacidózy. Přibližně 70 % transientního diabetu u novorozenců je spojeno s chromozomální oblastí 6q24. Hyperaktivita jednoho z otcovsky exprimovaných imprintovaných genů vt éto oblasti, PLAGL1, je kauzální příčinou 6q24-asociovaným TNDM. ME033-A1 kit je určen k detekci některé z příčin TNDM, zejména pro změny počtu kopií a metylace v6q24.

3 hlavní příčiny TNDM

  1. Paternální uniparentální disomie chromozómu 6 -  představuje přibližně 40 % případů s 6q24 asociovaným TNDM a tato disomie může být detekována pomocí 3 sond pro změny metylace promotorové oblasti genu PLAGL1. Sondy mají Hha 1 štěpící místo a detekují imprintovanou oblast genomu: jedna alela je metylovaná, druhá je nemetylovaná u normálních kontrolních vzorků. Ve srovnání s referenčními sondami, které neobsahují místa pro HhaI, signál MS - MLPA sond v imprintované oblasti, se sníží o 50 % při HhaI štěpení DNA vzorků od normálních jedinců.
  2. Duplikace 6q24 na otcovské alele, což odpovídá za 40 % případů s 6q24 - asociovaným TNDM. Duplikace může být detekována změnou počtu kopií specifických sond pro PLAGL1 a jedné nebo více jiných 6q24 sond.
  3. Hypometylace maternálně odlišné exprimované oblasti (DMR) představuje přibližně 20 % případů s 6q24 - asociovaným TNDM a mohou být detekovány změnou metylace tří sond v PLAGL1 promotorové oblasti, které mají místo Hha1. Přibližně polovina případů hypometylace je kvůli defektu ZFP57 genu. V ME033 kitu jsou čtyři ZFP54 specifické MLPA sondy, které detekují změny v počtu kopií tohoto genu. Recesivní mutace tohoto genu byly identifikovány u některých pacientů s TNDM.

Výsledky potvrďte jinými metodami

Mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace. Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu by delece a duplikace zjištěné MLPA měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků.


SALSA MLPA P434 Heterotaxy

  • aplikace: Heterotaxie

  • oblast: ZIC3 Xq26.3, CFC1 2q21.1, ACVR2B 3p22.2, NODAL 10q22.1

  • verze: A1

Tento kit může být použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů. Heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %.

Výsledky doporučujeme vždy potvrdit jinými metodami

Mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci mohou vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Některé signály jsou navíc citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, proto byste měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků.

Poznámka:
Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Kit P434-A1 obsahuje:

  • 1 sondu pro každý exon genů ZIC3, ACVR2B a NODAL.
  • 4 sondy pro 3 různé exony v CFC1 genu. Upozorňujeme, že CFC1 je téměř zcela totožný s CFC1B, žádné sondy nemohou být navrženy specificky pouze pro CFC1. Proto tyto sondy detekují oba geny a heterozygotní delece jednoho z genu bude mít za následek snížení signálu o přibližně 75 %.
  • 8 referenčních sond, které detekují několik různých oblastí na autozomálních chromozómech.

Podrobnosti o heterotaxii

Lidská heterotaxie je syndrom charakterizovaný širokým spektrem srdečních a extrakardiálních vrozených vad, které jsou v první řadě vyvolané poruchami determinace osy zleva doprava během časného embryonálního vývoje (Shiraishi etal2012). Některé geny jsou nyní zapojeny do patogeneze heterotaxie a souvisejících izolovaných vrozených srdečních vad. Studie ukazují, že heterotaxie může být způsobena mutacemi jednoho genu, ale také ukazují výskyt velké lokusové heterogenity.

  • X-vázaná hetrotaxie-1 (HTX1) je způsobena mutacemi v genu ZIC3.
  • Viscerální heterotaxie-2 (HTX2) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu CFC1.
  • Viscerálníheterotaxie-4 (HTX4) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu ACVR2.
  • Baviscerální heterotaxie-5 (HTX5) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu NODAL.

Gen ZIC3 se skládá z 3 exonů, které pokrývají 5,9 kb genomové DNA na Xq26.3, 136 Mb odp-telomery. Gen CFC1 obsahuje 6 exonů, které pokrývají 7,4 kb genomové DNA na 2q21.1, 131 Mb odp-telomery. Gen ACVR2B obsahuje 11 exonů, které pokrývají 38,8 kb genomové DNA na 3p22.2, 38 Mb odp-telomery. Gen NODAL se skládá z 3 exonů, které pokrývají 9,7 kb genomové DNA na 10q22.1, 72 Mb odp-telomery.


SALSA MLPA P447 HPRT1

  • aplikace: Lesch-Nyhanův syndrom

  • oblast: Xq26.1

  • verze: A1

Tento kit můžete použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace!

Výsledky potvrďte jinými metodami

Některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Kit P447-A1 obsahuje:

  • 2 sondy pro každý exon genu
  • 4 doprovodné sondy: patří k nim 2 sondy progen PHF6 – před genem HPRT1 a 2 sondy pro gen PLAC1 – za genem HPRT1
  • 10 referenčních sond, které detekují několik různých míst na chromozómu X

Lesch-Nyhanův syndrom

Lesch-Nyhanův syndrom (LN) je vzácná, vrozená, X-vázaná metabolická porucha. Defekty v HPRT1 genu na chromozómu Xq26.2-q26.3 jsou hlavní příčinou LN. Protein kódovaný tímto genem je hypoxantin-guanin fosforibosyl-transferáza (HPRT), tento enzym hraje klíčovou roli v purinovém a pyrimidinovém metabolismu. V nepřítomnosti HPRT, puriny hypoxantin a guanin nejsou zabudovány do nukleotidů. Hladiny kyseliny močové jsou abnormálně vysoké u jedinců s LN syndromem a močové krystaly se abnormálně hromadí v kloubech a ledvinách. GenHPRT1 (9 exonů) pokrývá ~40,5 kb genomové DNA a je umístěn na Xq26.2-q26.3, 133,6 Mb odp-telomery.


SALSA MLPA P415 COL7A1-KRT5

  • aplikace: Dědičná epidermolysis bullosa

  • oblast: 3p21.31 COL7A1, 12q13.13 KRT5

  • verze: A1

Tento kit může být použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace!

Výsledky doporučujeme potvrdit jinými metodami

Některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Kit P415-A1 obsahuje:

  • 29 sond pro COL7A1
  • 1 sondu pro každý exon KRT5.
  • 10 referenčních sond, které detekují několik různých oblastí na autozomálních chromozómech

Dědičná epidermolysis bullosa

Defekty v genu COL7A1 jsou hlavní příčinou dystrofické epidermolysis bullosa. COL7A1 mutace mění strukturu nebo narušují produkci kolagenu typu VII, což poškozuje jeho schopnost napomáhat připojení epidermis k dermis. Pokud kolagen typu VII je abnormální nebo chybí, tření nebo jiné menší trauma může vést k oddělení těchto dvoukožních vrstev. Gen COL7A1 (118 exonů) pokrývá~31 kb genomové DNA a je lokalizován na chromozómu 3p21.31, 49 Mb odp-telomery.

Mutace v genu KRT5 zodpovědné za epidermolysis bullosa simplex mění strukturu a funkc ikeratinu 5, což vede ke špatné spolupráci s keratinem 14 a interferuje s tvorbou sítě z keratinových intermediálních vláken. Gen KRT5(9 exonů) pokrývá ~6 kb genomové DNA a je umístěn na12q13.13, 53Mbodp-telomery. Protein kódovaný tímto genem je keratin 5.


SALSA MLPA P344 SULT1A1

  • aplikace: detekce aberantního počtu kopií genu SULT1A1 ve vzorcích lidské DNA

Sulfátová konjugace je katalyzována cytosolickými sulfotransferázami (SULT). Zejména SULT1A1 je zapojena do hlavního metabolismu léků u člověka (Hebbring SJ et al. 2008, Cytogenet. Genome Res. 123:205-10). Cytosolická SULT genová rodina u člověka zahrnuje 13 různých genů. Gen SULT1A1 je jedním z nejdůležitějších členů, protože je exprimován v různých lidských tkáních. Bylo prokázáno, že hraje důležitou roli v biotransformaci velkého počtu léků a estrogenových hormonů.

Vysoký stupeň variability v počtu kopií genu SULT1A1 byl popsán a počet kopií se pohybuje v rozmezí 1 - 5. Mezi různými populacemi je výrazná variabilita v rozložení počtu kopií. Ve vzorcích jaterních biopsií bylo zjištěno, že počet kopií genu SULT1A1 u jedince souvisí s enzymatickou aktivitou proteinu SULT1A1.

Věděli jste, že...?

....přibližně 5 % z Kavkazských - Amerických jedinců má pouze jednu kopii genu, zatímco přibližně 25 % jedinců má 3 nebo více kopií? Mezi Afroameričany je velmi málo jedinců, kteří mají méně než 2 kopie, zatímco více než 60 % jedinců má 3 nebo více kopií.


SALSA MLPA P431 FOXF1

  • aplikace: FOXF1, který je spojen s alveolární kapilární dysplazií s atypickým uložením plicních žil (ACD/MPV)

Kit P431 obsahuje:

  • sondy pro každý exon genu FOXF1 a také sondy pro sekvence lokalizované před genem
  • 10 sond pro SDR (shared deletion region) oblast o délce 75 Mb, která se nachází 257kb před genem FOXF1
  • 4 sondy pro 1505bp regulační fragment 1a (RF1a) lokalizovaný v SDR 

Kit obsahuje i sondy pros MYCN, který je spojen s Feingold syndromem (FS), vzácným autozomálně dominantním dědičným onemocněním, které se vyznačuje mikrocefalií, malformacemi končetin, atrézií jícnu a jinými malformacemi. Defekty (haploinsuficience, mutace, (mikro) delece) v proto-onkogenu MYCN na chromozómu 2p24.3 jsou hlavní příčinou FS. Gen MYCN je členem MYC rodiny a kóduje transkripční faktor N-myc, který reguluje řadu cílových genů zapojených do buněčného cyklu.

4 různé heterozygotní mutace u ACD/MPV

U pacientů s ACD/MPV, vzácným onemocněním plic, byly identifikovány4 různé heterozygotní mutace v kandidátním genu FOXF1 a překrývající se mikrodelece, které zahrnovaly cluster genů pro FOX transkripční faktory na chromozómu 16q24.1-q24.2.

SALSA MLPA P443 KANSL1

  • aplikace: počet kopií KANSL1

  • oblast: 17q21.31

  • verze: A1

Mikrodeleční syndrom 17q21.31 se vyznačuje vývojovou retardací, dětskou hypotonií, dysmorfismem, vrozenými vadami a poruchami chování. Celkovou psychomotorickou vývojovou retardaci pozorujeme u všech jedinců od útlého věku. Většina jedinců s mikrodelečním syndromem 17q21.31 trpí mírným až středním mentálním postižením. Mezi další symptomy patří epilepsie, vrozené vady srdce, ledvin a urologické anomálie a kryptorchismus.

Průzkumy ukázaly, že až 60 % Evropanů nese alespoň 1 ze 3 známých duplikací.

Gen KANSL1, dříve označován KIAA1267, se nachází v kritické oblasti 17q21.31, kde velmi často dochází k delecím. Zajímavým faktem je, že duplikace 17q21.31, která ovlivňuje 5' kódující exony genu KANSL1, byly popsány u zdravých jedinců.

Co obsahuje kit P443-A1:

  • sondy pro každý exon genu KANSL 1 (s výjimkou exonu 12)
  • sondy pro exony 2, 3, 4, 15
  • 4 centrometrické sondy pro gen KANSL 1 (2 z nich jsou umístěny v genu MAPt a dvě v CRHR1)
  • sondu pro transkripční variantu 2 exonu 1
  • 10 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Gen KANSL1 (15 exonů) pokrývá ~ 163kb genomové DNA a je lokalizován na chromozómu 17q21.31, ~ 44 Mb od p-telomery.


SALSA MLPA P435 FLNB

  • aplikace: Atelosteogenesis, Boomerang dysplazia, AD Larsen Syndrom

  • oblast: 3p14.3 FLNB

  • verze: A1

Mutace v genu FLNB byly nalezeny u atelosteogenesis typu 1 a 3, Boomerang dysplazie, autosomálně dominantního Larsen syndromu a syndromu spondylokarpotarsalní synostózy. FLNB leží na chromozómu 3 a kóduje protein pro cytoplazmatický filamin B. Tento Filamin B je zodpovědný za regulaci cytoskeletu, váže se s aktinem, spojuje buněčnou membránu s cytoskeletem a reguluje intracelulární signální dráhy odpovědné za vývoj kostry.

Kit P435-A1 obsahuje:

  • jednu sondu pro každý exon genu (s výjimkou exonů 2, 5, 26, 37, 39, 42)
  • 10 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Gen FLNB gen (47 exonů) pokrývá ~ 164 kb genomové DNA a je umístěn na 3p14.3, 58 Mb od p-telomery.


SALSA MLPA P431 FOXF1

  • aplikace: Alveolární kapilární dysplazie

  • oblast: 2p24.3 (MYCN) a 16q24.1 (FOXF1, FOXC2, FOXL1)

  • verze: A1

Alveolární kapilární dysplazie s atypickým uložením plicních žil (ACD/MPV) je vzácné, neonatální a letální onemocnění plic. U pacientů s ACD/MPV byly identifikovány čtyři různé heterozygotní mutace v kandidátním genu FOXF1. Rovněž byly detekovány překrývající se mikrodelece, které zahrnovali cluster genů pro FOX transkripční faktory na chromozómu 16q24.1-q24.2.

Feingold syndrom (FS) je vzácné autozomálně dominantní dědičné onemocnění, které se vyznačuje mikrocefalií, malformacemi končetin, atrézií jícnu a jinými malformacemi. Defekty (haploinsuficience, mutace, (mikro) delece) v proto-onkogenu MYCN na chromozómu 2p24.3 jsou hlavní příčinou FS. Gen MYCN je členem MYC rodiny a kóduje transkripční faktor N-myc (mimo jiné reguluje řadu cílových genů zapojených do buněčného cyklu).

Kit P431-A1 obsahuje:

Typ genu s parametry: Obsah kitu:
MYCN (3 exony) pokrývá  ~ 6,5kb genomové DNA a je umístěn na 2p24.3, 16,1 Mb od p-telomery. 2 sondy pro exon 1 a 3 a jednu sondu pro exon 2
FOXF1 (2 exony) pokrývá ~ 3,9kb genomové DNA a je umístěn na 16q24.1, 86,5 Mb od p- telomery. Kit P431 - A1 obsahuje dvě sondy pro každý exon genu a dvě sondy lokalizované před genem FOXF1. 10 sond pro SDR (shared deletion region) oblast o délce 75 Mb, která se nachází 257kb před genem FOXF1, a dále čtyři sondy pro 1505bp regulační fragment 1a (RF1a) lokalizovaný v SDR
FOXC2 (1 exon) pokrývá ~ 1,7kb genomové DNA a je umístěn na 16q24.1, 86,6 Mb od p- telomery. 2 sondy pro exon 1
FOXL1 (1 exon) pokrývá ~ 3,2kb genomové DNA a je umístěn na 16q24.1, 86,6 Mb od p- telomery. 3 sondy pro exon 1
  • dále 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P437 Familial MDS-AML

  • aplikace: Familiární MDS-AML

  • oblast: RUNX1, CEBPA, GATA2, TERT, TERC

  • verze: A1

S každým kitem dodáváme DNA vzorek SD040. Můžete jej použít při analýze dat a také jako pozitivní kontrolu pro specifické sondy.

Myelodysplastického syndromu (MDS) a akutní myeloidní leukémie (AML) jsou spíše ojedinělé, vzácné familiární případy MDS-AML se ovšem již objevily. Dědičné mutace v genech GATA2, TERC, TERT, CEBPA a RUNX1 jsou spojeny s familiární MDS-AML. I přes to, že se u většiny zárodečných aberací těchto genů jedná o bodové mutace, delece byly popsány rovněž v GATA2 a RUNX1. Nejvíce rekurentní mutace v GATA2 identifikované u pacientů MonoMAC jsou R398W (1192C> T) a T354M (1061C> T).

Co obsahuje kit P437-A1 Familial:

  • 42 sond pro detekci odchylek v počtu kopií u genů: GATA2 (3q21.3), TERC (3q26.2), TERT (5p15.33), CEBPA (19q13.11) a RUNX1 (21q22.12) (diagnosticky významné u familiární MDS-AML)
  • 2 specifické sondy pro bodové mutace v GATA2 (1061C> T a 1192C> T)
  • 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Upozornění!
Specifické sondy pro mutace byly testovány pouze na kontrolních plasmidech, nikoli na pozitivních lidských vzorcích DNA s bodovými mutacemi v GATA2 (1061C> T a 1192C> T).


SALSA MLPA P344 SULT1A1

  • aplikace: počet kopií SULT1A1

  • oblast: 16p11.2

  • verze: C1

P344 slouží k detekci aberantního počtu kopií genu SULT1A1 ve vzorcích lidské DNA. Sulfátová konjugace je katalyzována cytosolickými sulfotransferázami (SULT). Především SULT1A1 je zapojena do hlavního metabolismu léků u člověka. Cytosolická SULT genová rodina u člověka zahrnuje 13 různých genů. Jedním z nejdůležitějších členů je gen SULT1A1, neboť je exprimován v různých lidských tkáních a hraje důležitou roli při biotransformaci velkého počtu léků a estrogenových hormonů. Počet kopií genu SULT1A1 se pohybuje v rozmezí 1 - 5.

Co obsahuje kit P344-C1:

  • 2 sondy pro exony 1 a 2 transkripční varianty 5
  • jednu sondu pro každý exon transkripční varianty 1 (s výjimkou exonu 2)
  • 11 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Gen SULT1A1 vykazuje vysokou sekvenční homologii s geny SULT1A2, 1A3 a 1A4 a je umístěn na chromozómu 16p11.2 v clusteru s těmito geny. Geny SULT1A1 a SULT1A2 jsou umístěny vedle sebe v tandemové orientaci a částečně se překrývají. Gen SULT1A4 je umístěn 850 kb a gen SULT1A3 1600kb centromericky od SULT1A1.

Hlavní transkripční varianta 1 (NM_001055 ) genu SULT1A1 pokrývá ~ 4,5kb genomové DNA, 28,6 Mb od p- telomery a má 8 exonů. Transkripční varianta 5 (NM_177536) pokrývá 18 kb genomové DNA a má 6 exonů.


SALSA MLPA P440 F10 + F11

  • aplikace: Deficience faktoru X; Rosenthal syndrom

  • oblast: 4q35.2 a 13q3

  • verze: A1

Deficience faktoru X  a XI (Rosenthal syndrom) jsou dva typy dědičných autozomálně recesivních onemocnění, která jsou charakterizovaná krvácivými stavy různé závažnosti. Defekty v genu F10 na chromozómu 13q34 jsou hlavní příčinou nedostatku faktoru X. Vitamín K -dependentní protein kódovaný tímto genem je koagulační faktor X. Defekty v genu F11 na chromozómu 4q35 jsou hlavní příčinou nedostatku faktoru XI. Protein kódovaný tímto genem je koagulační faktor XI.

Co obsahuje kit P440-A1:

  • jednu sondu pro každý exon z níže uvedených genů
  • dvě sondy pro exon 1 obou genů
  • 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Gen F10 (8 exonů) pokrývá ~ 27 kb genomové DNA a je umístěn na 13q34, 114 Mb od p- telomery. Gen F11 (15 exonů) pokrývá ~ 24 kb genomové DNA a je umístěn na 4q35.2, 187 Mb od p- telomery.


Všechny výše uvedené kity SALSA MLPA jsou určeny pro detekci delecí, nebo duplikací jedné nebo více sekvencí v uvedených genech ve vzorcích lidské DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní.

Kontaktujte nás

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
Fax: +420 241 401 694
E-mail: biogen@biogen.cz

Novinky na e-mail

Vaše osobní údaje nejsou nikde zveřejňovány a splňují požadavky GDPR.