Úvod Magazín Zlepšené MLPA kity pro rychlejší a efektivnější detekci delecí a duplikací ve vzorcích DNA

Zlepšené MLPA kity pro rychlejší a efektivnější detekci delecí a duplikací ve vzorcích DNA

Vybavte svoji laboratoř moderními MLPA kity, které slouží pro jednodušší a rychlejší detekci delecí a duplikací ve vzorcích DNA. Nabízíme vám zlepšené MLPA kity od holandské společnosti MRC-Holland.

Zlepšené MLPA kity:

SALSA MLPA P352 PKD1-PKD2

  • aplikace: Polycystická choroba ledvin u dospělých
  • oblast: PKD1, PKD2
  • verze: D1

SALSA MLPA P351 PKD1

  • aplikace: Polycystická choroba ledvin u dospělých
  • oblast: PKD1
  • verze: C1

Obsah kitů:

Tyto kity obsahují PKD1 sondy pro 36 z 46 exonů a 17 PKD2 sond pokrývající všechny exony PKD2 s výjimkou exonu 13. Dvě sondy jsou přítomné pro PKD2 exony 1, 2 a 6. Kromě toho, 3 sondy jsou přidány do kitu P351 pro TSC2 gen, který se nachází za PKD1 a 11 referenčních sond je zahrnuto v každém kitu pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí.

Upozorňujeme, že tyto kity P351 a P352 se liší od kitů používaných v článku Consugar, MB et al. (2008, Kidney Int 74: 1468-1479) a Kozlowski, P. et al. (2008, Genomics 91: 203-208). Podle Consugar et al. značná část PKD1 delecí jsou mozaikové případy. Jedná se o náročné případy pro detekci, protože signály MLPA sond ukážou pouze malé snížení u vzorků s mozaikou.


SALSA MLPA P255 ALDOB-FBP1

  • aplikace: intolerance fruktózy
  • oblast: ALDOB FBP1 9q21
  • verze: B1

Obsah kitu:

Gen ALDOB (9 exonů) pokrývá ~ 15,2 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 9q21, 104,2 Mb od p-telomery. Kit P255 ALDOB obsahuje sondy pro každý exon genu, včetně dvou sond pro specifické mutace (A149P; A174D). Upozorňujeme, že sonda pro specifickou mutaci A149P může vykazovat malý pík, i když mutace není přítomna. Sonda pro specifickou mutaci A174D bude generovat pouze signál, je-li přítomna mutace. Kromě toho, 10 referenčních sond je zahrnuto v kitu pro detekci různých autozomálně chromozomálních oblastí.


SALSA MLPA P260 PALB2-RAD50-RAD51C-RAD51D

  • aplikace: Fanconiho anémie
  • oblasti: 5q31, 16p12, 17q12, 17q22
  • verze: B1

Obsah kitů:

Gen PALB2
Gen RAD50 Gen RAD51D Gen RAD51C
  • 13 exonů
  • pokrývá ~ 38kb genomové DNA
  • je umístěn na 16p12.2
  • ~ 24 Mb od p-telomery
  • kit P260-B1 obsahuje 1 sondu pro každý exon PALB2 genu
  • 25 exonů
  • pokrývá ~ 88kb genomové DNA
  • je umístěn na 5q31.1
  • ~ 132 Mb od p-telomery
  • kit P260-B1 obsahuje sondy pro 8 různých exonů RAD50 genu
  • 10 exonů
  • pokrývá ~ 20 kb genomové DNA
  • je umístěn na 17q12
  • ~ 33 Mb od p-telomery
  • kit P260-B1 obsahuje 1 sondu pro každý exon genu RAD51D
  • 9 exonů
  • pokrývá ~ 42 kb genomové DNA
  • je umístěn na 17q22
  • ~ 57 Mb od p-telomery
  • kit P260-B1 obsahuje 1 sondu pro každý exon RAD51C genu

Kromě toho, 10 referenčních sond je zahrnuto do kitu pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí.


SALSA MLPA P051 Parkinson mix 1

  • aplikace: Parkinsonova choroba, familiární
  • oblasti: PARK2 6q25.2, SNCA 4q21, Pink1, Park7 1p36
  • verze: D1

SALSA MLPA P052 Parkinson mix 2

  • aplikace: Parkinsonova choroba, familiární
  • oblasti: PARK2 6q25.2, UCHL1 4p14, GCH1 14q22.1, LRRK2 12q12
  • verze: D1

Obsah kitů

  • Gen PARK7 (7 exonů) pokrývá 24 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.23, ~ 8 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje 1 sondu pro každý exon PARK7 genu, 1 sondu proti směru exonu 1 a jednu přilehlou sondu pro gen TNFRSF9, který se nachází 22 kb od p-telomery genu PARK7.
  • Gen ATP13A2 (29 exonů) pokrývá 26 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.13, ~ 17 Mb od p-telomery. Kity P051-D1 a P052-D1 obsahují 2 sondy pro ATP13A2 gen, ale pokrývají různé exony.
  • Gen PINK1 (8 exonů) pokrývá 18 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.12, ~ 21 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje 1 sondu pro každý exon genu PINK1.
  • Gen UCHL1 (9 exonů) pokrývá 12 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 4p13, ~ 41 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje 1 sondu pro každý exon genu UCHL1.
  • Gen SNCA (PARK1)(6 exonů) pokrývá ~ 114 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 4q22.1, ~ 91 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje 1 sondu pro každý exon genu SNCA, stejně jako jednu specifickou sondu pro mutaci SNCA A30P.
  • Gen PARK2 (Parkin) (12 exonů) pokrývá 1380 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 6q26, ~ 162 Mb od p-telomery. Oba kity P051-D1 a P052-D1 obsahují jednu odlišnou sondu pro každý exon PARK2 genu. Kromě toho, kit P051-D1 obsahuje jednu sousedící sondu pro gen LPA, který se nachází 0,8 Mb od q-centromery genu PARK2. A konečně, kit P052-D1 obsahuje 1 sondu pro exon 1 PACRG genu, který je umístěn v intronu 1 genu PARK2. Vzhledem k tomu, že rozpoznávací sekvence některých sond se překrývají, nebylo možné zahrnout všechny PARK2 sondy do jednoho MLPA kitu. PARK2 je tumor supresorový gen, který je často deletován u různých rakovin, včetně nádorů plic, vaječníků a prsu. PARK2 je mapován v blízkosti FRA6E, jedno z nejaktivnějších a fragilních míst v lidském genomu.
  • Gen LRRK2 (51 exonů) pokrývá 144 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 12q12, ~ 41 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje 7 sond pro různé LRRK2 exony. Kromě toho, kity P051, P052-D1 a D1 obsahují sondu, která bude generovat pouze signál, je-li přítomna mutace G2019S.
  • Gen GCH1 (6 exonů) pokrývá 61 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 14q22.2 ~ 55 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje 1 sondu pro každý exon GCH1 genu. Více GCH1 sond je přítomno v kitu P099 GCH1-TH-SGCE.

Kit P052-D1 také obsahuje 2 sondy pro CAV1 / 2 geny, které jsou umístěny na fragilních místech. Kromě toho, 10 a 11 referenčních sond je zahrnuto v kitech P051-D1 a P052-D1 Parkinson pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí.


Kity pro základní výzkum

SALSA MLPA ME042 CIMP

  • aplikace: fenotyp metylovaných CpG ostrovů
  • oblasti: různé
  • verze: C1

Obsah kitu

Kit ME042-C1 CIMP MS-MLPA obsahuje 31 MS-MLPA sond, které detekují metylační status promotorové oblasti u těchto 8 genů: CACNA1G, CDKN2A, CRABP1, IGF2, MLH1, NEUROG1, RUNX3 a SOCS1. Promotorové oblasti těchto genů jsou nemetylované u DNA z krve zdravých jedinců, ale bylo publikováno, že jsou často methylované u CpG Island Methylator Phenotype (CIMP) nádorů.

Status u CIMP nádoru může být užitečný pro predikci odpovědi na léčbu a prognózou u kolorektálního karcinomu (Walther et al 2009, Nat Rev Cancer, 9:489-99). Kromě toho, jak ukazují nedávné studie, BRAF V600 aktivující mutace je těsně asociována s CIMP pozitivitou (Weisenberg DJ et al 2006, Nature Genet. 38: 787-93), specifická sonda pro tuto mutaci je zahrnuta v kitu. Tato BRAF sonda bude generovat pouze signál, když je přítomna ve vzorku DNA mutace V600.

Použití kitu

MLPA metoda je široce používána pro detekci aberantního počtu kopií sekvencí DNA. Pro detekci aberantní metylace je MLPA technika kombinována se štěpením hybridů DNA-sondy pomocí restrikční endonukleázy citlivé na metylaci - HhaI. Kromě sond MS-MLPA, je do kitu zahrnuto 15 referenčních sond a tyto sondy nejsou ovlivněny HhaI štěpením a jsou relativně stabilní v počtu kopií u kolorektálního karcinomu. Kromě odhalování abnormální metylace, budou všechny sondy MS-MLPA poskytovat informace o změně v počtu kopií v analyzovaném vzorku. Součástí kitu je také jedna sonda pro kontrolu štěpení, která ukazuje, zda štěpení restrikční endonukleázou v reakci MS-MLPA bylo kompletní.


SALSA MLPA P378 MUTYH

  • aplikace: nádor střeva, nádor žaludku (hereditární)
  • oblasti: 1p34 a15q13
  • verze: C1

Obsah kitu:

Gen MUTYH (16 exonů) pokrývá ~ 11kb genomové DNA a je umístěn na 1p34.1, 45 Mb od p-telomery. Gen GREM1 (2 exony) pokrývá ~ 17 kb genomové DNA a je umístěn v 15q13.3. Gen SCG5 (6 exonů) pokrývá ~ 56 kb genomové DNA a nachází se hned vedle GREM1 na 15q13.3.

  • Kit P378-C1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu MUTYH.
  • Dále také obsahuje sondy pro specifické mutace Y179C a G396D (bodové mutace).
  • Pro GREM1 jsou zahrnuty dvě sondy pro každý exon, a navíc dvě sondy pro oblast proti směru genu GREM1.
  • Pro SCG5, jsou přítomny sondy pro exony 2 až 6.
  • 14 referenčních sond bylo zahrnuto do kitu pro detekci různých autozomálně chromozomálních oblastí, které jsou relativně stabilní u nádorů žaludku a střeva

Máte zájem o zlepšené MLPA kity? Kontaktujte nás.

Položky označené hvězdičkou (*) jsou povinné.

Vaše osobní údaje nejsou nikde zveřejňovány a splňují požadavky GDPR.

Kontaktujte nás

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
Fax: +420 241 401 694
E-mail: biogen@biogen.cz

Novinky na e-mail

Vaše osobní údaje nejsou nikde zveřejňovány a splňují požadavky GDPR.